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14 Filogenia: conceptos y generalidades/Leopardi-Verde & Escobedo-Sarti/7-25

Figura 4.
Ejemplo de un alineamiento. A) Segmento de una matriz de ITS sin alinear. B) Segmento de la matriz de ITS luego del
alineamiento.

A

B

Los alineamientos pueden hacerse manualmente o con ayuda de programas de cómputo. Los manuales
presentan el problema de ser difíciles de repetir; mientras que los elaborados con programas, aunque pueden
ser reproducidos con facilidad, usualmente requieren ser refinados a mano. Los programas pueden seguir tres
métodos básicos para alinear las secuencias: global, por bloques o combinados; también pueden ser progresivos,
iterativos o ser una mezcla de ambos (Mount, 2001; Pivorano & Heringa, 2008).
Los métodos globales utilizan las secuencias completas durante el alineamiento (p. e. ClustalW y MUSCLE).
Por su parte, los que funcionan por bloques identifican patrones en las secuencias y los usan para elaborar el
alineamiento (p. e. MAFFT). Sólo los métodos más recientes, como T-Coffee, son capaces de incorporar estas dos
metodologías (Mount, 2001; Pivorano & Heringa, 2008).
Los métodos progresivos intentan construir el alineamiento generando un “boceto” de árbol filogenético,
para lo que usan una distancia genética y algoritmos como el método de grupo de pares no ponderados con

Tequio, enero-abril 2021, vol. 4, no. 11