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Filogenia: conceptos y generalidades/Leopardi-Verde & Escobedo-Sarti/7-25 11

La reconstrucción de una filogenia
La reconstrucción de una filogenia es un proceso cuyo primer paso requiere definir el grupo de estudio y su
circunscripción. Tradicionalmente esto se hacía con criterios empíricos, sin un enfoque evolutivo y usualmente
con el propósito de poner a prueba determinado esquema de clasificación. Actualmente, con base en la
información que existe en la literatura, se hacen cada vez con más frecuencia propuestas menos conservadoras,
con la intención de responder preguntas concretas que pueden ser prácticamente de cualquier índole imaginable
(p. e. Givnish et al., 2011; Smith & Hendricks, 2013).
Para elaborar una reconstrucción filogenética luego de la selección del grupo de estudio es necesario precisar
el grupo externo. Este punto es esencial, pues se ocupa para definir la polaridad de la filogenia y por lo mismo
es la base para establecer qué es lo “ancestral” y lo “derivado”. Lo que sigue es la elección del tipo de caracteres,
que pueden ser de las dos fuentes más comunes, a las que por simplicidad se denomina aquí caracteres de
origen fenotípico y los de origen genotípico. Lo anterior es relevante porque no es lo mismo utilizar caracteres
fenotípicos o genotípicos codificados como una matriz binaria o multiestado, que utilizar secuencias de ADN,
cuyo abanico de opciones de análisis es mucho mayor.
En el caso de las secuencias de ADN, el primer paso es establecer un alineamiento en el cual se maximice la
comparabilidad (y compatibilidad) entre las secuencias que conforman la muestra, luego se debe especificar el
modelo evolutivo que se utilizará para analizar la matriz de secuencias alineadas (ver sección de modelos más
adelante). Posteriormente se hace el análisis, que debe estar guiado por la pregunta que se desea responder, ya
que cada uno de los paradigmas para el análisis de datos (máxima parsimonia, máxima verosimilitud e inferencia
3
bayesiana) presenta fortalezas y debilidades. Además, los productos de cada una de estas formas de análisis
tienen propiedades diferentes, por lo que pueden ser usados para actividades tan distintas como establecer el
grado de discrepancia de los datos utilizados, la tasa de evolución de un linaje, elaborar una escala temporal o
entender cómo ha sido el proceso de cambio de un atributo.

Caracteres fenotípicos
Los caracteres fenotípicos son atributos que podemos observar o medir de la información contenida en
el genoma de los organismos a analizar; pueden ser desde la presencia de determinado tipo de indumento,
cambios en la forma, los tamaños, las proporciones, los ángulos, los colores, etcétera (Poe & Wiens, 2000). En los
caracteres fenotípicos se pueden incluir también elementos como las fragancias, las características fisiológicas,
los compuestos químicos, entre otros. Por supuesto, el uso de características con una homología discutible como
las fragancias o los colores requiere de una justificación basada en investigación previa. Un carácter homólogo
es aquel que tiene el mismo origen entre los taxa incluidos en el estudio (Herron & Freeman, 2014).
En este sentido, un carácter puede definirse como cualquier atributo que presenta variación entre dos o
más grupos de organismos, rasgos que para ser empleados en los análisis filogenéticos deben ser constantes
(Wagner, 2001). Este concepto es apropiado para describir cualquier actividad de la vida cotidiana y es una parte
esencial de la biología comparada, que tiene por función examinar y capturar los patrones biológicos, y elaborar
teorías sobre los procesos que podrían explicarlos (Eldredge & Cracraft, 1980).
Utilizar caracteres fenotípicos normalmente ofrece dos restricciones que deben salvarse; la primera es
determinar, más allá de la duda razonable, si el atributo seleccionado cumple con el criterio de homología. La

3 También se conoce como máxima probabilidad.

Tequio, enero-abril 2021, vol. 4, no. 11