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cómo construir dicha relación ejemplificándolo sobre un cuartet cuyas hojas están asociadas a cuatro
secuencias de caracteres ficticias, partiendo tanto del modelo de evolución molecular de Jukes-Cantor,
como de la condición de reloj molecular, y en cómo aplicarla para determinar los valores óptimos de las
longitudes de sus ramas a fin de maximizar la probabilidad de que dicho árbol explique las secuencias
de nucleótidos observadas.
Los métodos sucintamente descritos aquí no son los únicos que pueden utilizarse para hacer
reconstrucciones de las relaciones ancestro-descendientes. Existe, además, una familia de algoritmos
muy útiles cuando se tienen cantidades masivas de datos; por ejemplo, aquellos que se enfocan en
la distancia las calculan entre pares de especies para construir un árbol filogenético. Al respecto,
se introducirán tres politopos, de los cuales el Tight Span y el de Lipschitz están relacionados con
representaciones de la métrica que preservan distancia, mientras que el politopo de evolución mínima
equilibrado se vincula con el principio de evolución mínima, que es un principio de optimización
utilizado en filogenética y que en varios aspectos es similar al MP, ya que persigue el árbol con la
menor longitud total, aunque la ruta para lograrlo puede ser distinta.
Teniendo una hipótesis filogenética robusta se pueden utilizar metodologías auxiliares para
tratar de responder preguntas más profundas o establecer metas más ambiciosas. Algunas de estas
directrices son el reloj molecular y la reconstrucción de estados ancestrales de caracteres. La primera
de ellas permite establecer un marco temporal que ayuda a entender cómo y bajo qué condiciones
evolucionó un grupo. La reconstrucción de caracteres estima los estados de una especie variable
(como parte de su proceso evolutivo) para relacionarlos con eventos relevantes. Adicionalmente, se
incluyen teorías que responden qué tan fuerte es la asociación entre la evolución de un conjunto de
caracteres (p. e. componentes del nicho, morfología) con la filogenia.

Ernesto Álvarez-González
Pablo Duchén-Bocángel
Carlos Luis Leopardi-Verde
Linard Hoessly
Guadalupe Jeanett Escobedo-Sarti

Tequio, enero-abril 2021, vol. 4, no. 11