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Métodos de reconstrucción filogenética II/Duchen/81-89 85

>E2
ACAGCAATGTTATCTC
>E3
CCATTGAAGATGCGTT
>E4
ACAGTAGTGTTACCAG

Posteriormente, consideramos posibles topologías para las especies E1, E2, E3 y E4. En total existen 15 posibles
topologías, las cuales las escribimos en formato NEWICK y las guardamos en un archivo denominado
“topologias.tre” (visualizadas en la Figura 1):

( ( E1 : 1, E2 : 1 ) : 1, ( E3 : 1, E4 : 1 ) : 1 ) : 1;
( ( E1 : 1, E4 : 1 ) : 1, ( E2 : 1, E3 : 1 ) : 1 ) : 1;
( ( ( E1 : 1, E2 : 1) : 1, E3 : 1 ) : 1, E4 : 1 ) : 1;
( ( ( E1 : 1 , E2 : 1 ) : 1, E4 : 1 ) : 1, E3 : 1 ) : 1;
( ( ( E1 : 1, E3 : 1 ) : 1, E2 : 1 ) : 1, E4 : 1 ) : 1;
( ( ( E1 : 1, E3 : 1 ) : 1, E4 : 1 ) : 1, E2 : 1 ) : 1;
( ( E1 : 1, E3 : 1 ) : 1, ( E2 : 1, E4 : 1 ) : 1 ) : 1;
( ( ( E1 : 1, E4 : 1 ) : 1, E2 : 1 ) : 1, E3 : 1 ) : 1;
( ( ( E1 : 1, E4 : 1 ) : 1, E3 : 1 ) : 1, E2 : 1 ) : 1;
( ( ( E2 : 1, E3 : 1 ) : 1, E1 : 1 ) : 1, E4 : 1 ) : 1;
( ( ( E2 : 1, E3 : 1 ) : 1, E4 : 1 ) : 1, E1 : 1 ) : 1;
( ( ( E2 : 1, E4 : 1 ) : 1, E1 : 1 ) : 1, E3 : 1 ) : 1;
( ( ( E2 : 1, E4 : 1 ) : 1, E3 : 1 ) : 1, E1 : 1 ) : 1;
( ( ( E3 : 1, E4 : 1 ) : 1, E2 : 1 ) : 1, E1 : 1 ) : 1;
( ( ( E3 : 1, E4 : 1 ) : 1, E1 : 1 ) : 1, E2 : 1 ) : 1;

Finalmente, usando los archivos que se acaban de crear (“alineamiento.fas” y “topologias.tre”) como input,
desarrollo a continuación un programa corto (escrito en el lenguaje de programación R) a fin de ejemplificar el
algoritmo Metropolis-Hastings para la inferencia filogenética bayesiana (nótese que los pasos del algoritmo
también están mencionados en el programa):

#######-INICIO DEL PROGRAMA-#######

library(ape)
library(phangorn)

#Alineamiento de ADN.
D <- phyDat(read.FASTA("alineamiento.fas")) #Posibles topologias.
T <- read.tree("topologias.tre")

Tequio, enero-abril 2021, vol. 4, no. 11