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Métodos de reconstrucción filogenética I/Duchen/69-79 77
empleando ML, también lleva a cabo bootstrapping e incluye varios métodos de análisis evolutivo a lo largo de
filogenias.
PhyML. Desarrollado por Guindon et al. (2010), PhyML consiste en diversos programas que calculan una
filogenia utilizando ML. Además, contiene herramientas para la calibración de fósiles en filogenias y para estimar
tasas de dispersión.
MEGA. Desarrollado por Hall (2013). También incluye inferencia filogenética con ML, en conjunto con una
multitud de herramientas útiles en genética evolutiva.
Figura 1.
Algoritmo “prunning” para calcular la verosimilitud de un árbol T en una posición (o columna) k del alineamiento
D. Aquí observamos los nucleótidos A, G y G para las especies E1, E2 y E3, respectivamente. Los nucleótidos en
los nodos interiores E12 y E123 se desconocen, pero eso no impide calcular su verosimilitud, ya que se pueden
sumar las cuatro posibilidades correspondientes a los cuatro nucleótidos posibles.
Tequio, enero-abril 2021, vol. 4, no. 11
