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76 Métodos de reconstrucción filogenética I/Duchen/69-79

#Aqui se escoge la topología con la máxima verosimilitud. print ( paste ( "Topologia con la maxima
verosimilitud =",
which ( logV==max(logV) ) ) )
#######-FIN DEL PROGRAMA-#######

El output de este programa es el siguiente:

Ejemplo de inferencia con ML
[1] "Log Verosimilitud topologia 1 = -87.1232112880638"
[1] "Log Verosimilitud topologia 2 = -87.8578012541171"
[1] "Log Verosimilitud topologia 3 = -87.0763445725479"
[1] "Log Verosimilitud topologia 4 = -87.0328449489164"
[1] "Log Verosimilitud topologia 5 = -86.6093614372388"
[1] "Log Verosimilitud topologia 6 = -86.7630718337047"
[1] "Log Verosimilitud topologia 7 = -85.6551750661665"

[1] "Log Verosimilitud topologia 8 = -87.61408828079"
[1] "Log Verosimilitud topologia 9 = -87.8112983008873"
[1] "Log Verosimilitud topologia 10 = -87.5197055341976"
[1] "Log Verosimilitud topologia 11 = -87.5197055341976"
[1] "Log Verosimilitud topologia 12 = -86.2876683750476"
[1] "Log Verosimilitud topologia 13 = -86.331167998679"
[1] "Log Verosimilitud topologia 14 = -87.3545380111076"
[1] "Log Verosimilitud topologia 15 = -87.5082484075735"
[1] "Topologia con la maxima verosimilitud = 7"

Como se puede corroborar, la topología con la máxima verosimilitud es la 7 (Figura 2). En la realidad, para un
alineamiento tan reducido, otros métodos basados en distancias genéticas serán suficientes para inferir la
filogenia. ML es más útil para alineamientos con más especies y más posiciones.

Software para inferencia filogenética con ML

Existen muchos programas que calculan filogenias utilizando ML. Históricamente el software PAUP (Swofford,
2002) también incluye un método ML. Sin embargo, se desarrollaron otros programas con mayor velocidad, aquí
se nombrarán los más usados en la actualidad.

RAxML. Desarrollado por Stamatakis (2014), este programa toma un alineamiento como input y reporta la
filogenia con la máxima verosimilitud. Es muy utilizado debido a su rapidez; Además, RAxML también realiza el
bootstrapping.

PHYLIP. Desarrollado por Felsenstein y colaboradores (Felsenstein, 2019). La primera versión salió en 1980 y
desde entonces fue desarrollándose y actualizándose continuamente. PHYLIP, además de calcular filogenias

Tequio, enero-abril 2021, vol. 4, no. 11