Page 71 - Tequio 11

Tequio 4(11), 2021: 69-79
issn: 2594-0546

Métodos de reconstrucción filogenética I:
máxima verosimilitud

Methods for phylogenetic reconstruction I:

maximum likelihood

Pablo Duchen 1*

Fecha de recepción: 6 de noviembre de 2020
Fecha de aceptación: 22 de enero de 2021

Resumen - La inferencia filogenética es ampliamente Abstract - Phylogenetic inference is widely used
utilizada en biología evolutiva, la cual tiene el in evolutionary biology, aiming to find evolutionary
objetivo de encontrar las relaciones evolutivas entre relationships between different species and report
diferentes especies y representarlas en la forma de the result in the form of a phylogenetic tree
un árbol filogenético (o filogenia). Existen varios (phylogeny). There are several statistical methods
métodos estadísticos para la inferencia filogenética. used for phylogenetic inference. In this review, the
En esta revisión se presenta la máxima verosimilitud method of maximum likelihood for phylogenetic
como modelo de reconstrucción filogenética, método reconstruction is presented. This technique consists
que consiste en calcular la verosimilitud de múltiples of finding the likelihood of multiple candidate
filogenias candidatas y reportar aquella con el valor phylogenies, and report the one with the highest
máximo como la filogenia representativa de un grupo likelihood as a representative of the evolutionary
de organismos. En la presente revisión se explica cómo relationships of a group of species. In this paper,
se calcula la verosimilitud de una filogenia a partir de the likelihood calculation of a phylogeny from
secuencias de ADN provenientes de varias especies. multiple-species DNA sequences is reviewed.
También se presentan modelos de mutación de ADN Also, some key DNA mutation models to calculate
para calcular probabilidades de transición entre transition probabilities between nucleotides are
nucleótidos, los cuales son usados en la estimación presented. Such transition probabilities are used in
de la verosimilitud. Se muestra también un ejemplo the likelihood calculation of a given phylogeny. A
ilustrativo sencillo que aplica los pasos necesarios simple example is shown to illustrate the necessary
para inferir una filogenia y se explica el software más steps to infer a phylogeny, as well as the most
usado para inferencia bajo máxima verosimilitud para common software for maximum likelihood inference
alineamientos de ADN más grandes. for larger DNA alignments.

Palabras clave: Prunning, Jukes-Cantor, inferencia Keywords: Prunning, Jukes-Cantor, phylogenetic
filogenética, alineamiento, bootstrap, modelos de inference, alignment, bootstrap, DNA mutation
mutación de ADN. models.

1 Departamento de Biología Computacional, Universidad de Lausana, Suiza. *Correos electrónicos: pablo.duchenbocangel@unil.ch, pduchen@gmail.com
ORCID: 0000-0002-9318-5002