En el verano de 1859, con motivo de la expedición de las Leyes llamadas de Reforma, en la ciudad de Oaxaca, los frailes de los edificios conventuales de Santo Domingo, la Merced, San Agustín, el Carmen y de San Francisco abandonaron su reclusión. El gobierno liberal oaxaqueño procedió a ocuparlos e igual acción realizó con las sedes del Obispado y el Colegio Seminario. A este último se le dispuso fuera la nueva sede del Instituto de Ciencias y Artes del Estado.
Esa resolución político administrativa no se cumplió de inmediato pues todavía el enfrentamiento militar entre liberales y conservadores se mantendría hasta el año de 1860 e incluso en enero del año siguiente, el jefe conservador José María Cobos dispuso que el edificio regresara al dominio del clero oaxaqueño. Con respecto al colegio civil, Cobos expresó que el instituto sería reabierto pero sobre bases diferentes, “para que no se contaminara la juventud con ideas irreligiosas y perniciosas”. En la práctica estuvo cerrado hasta que luego de la expulsión definitiva de Cobos de territorio oaxaqueño, los liberales retomaron de manera definitiva el control de la ciudad capital.
En el bisemanario oficial La Victoria, se informó que el inmueble sería objeto de arreglos para que en el mes de septiembre de 1860 se reanudaran las actividades escolares. Durante el último tercio de 1860, las funciones directivas recayeron en la persona del médico Manuel Ortega Reyes, catedrático decano.
En diciembre de 1860 se expidió una nueva ley de instrucción pública que comprendía una docena de capítulos dedicados a la casa de estudios, cuyo director sería también titular de la flamante Dirección de Instrucción pública de Oaxaca. A los pocos días de expedida la nueva legislación, fue nombrado director de la institución de enseñanza secundaria y profesional, el abogado y exalumno Manuel Dublán. El 31 de diciembre de ese año, ya en el nuevo edificio tuvo lugar la ceremonia de entrega de premios a los alumnos más aventajados y al día siguiente, se instaló con la presencia del gobernador del estado, la Dirección de Instrucción Pública.
Para enfatizar el cambio de rumbo, un redactor de La Victoria escribió que en el aula general del Instituto se defendía que el matrimonio era disoluble según la razón y la filosofía. “La verdad triunfa y los principios sancionados hace tanto tiempo se proclaman al fin en los mismos colegios en que antes se disputó sobre la dualidad de la naturaleza del Verbo y la transubstanciación de la Eucaristía”.
A partir del triunfo del partido liberal en la guerra de Reforma, la sede del Instituto de Ciencias y Artes fue el edificio ubicado en la esquina que forman las calles de Av. Independencia y Macedonio Alcalá. Ni el capítulo del Imperio (1865-1866) logró que la casa de estudios civil cambiara de domicilio.
En el último tercio del siglo XIX hubo varias intervenciones al inmueble para el inmueble habilitando ventanas de tal manera que la luz solar ingresara libremente, en una disposición cargada de simbolismo frente a la austeridad religiosa de antaño. Pero la más relevante y que aún hoy se mantiene fue la impulsada en la primera década del siglo XX con motivo de la celebración del centenario del natalicio de don Benito Juárez. De acuerdo con lo escrito por la Dra. Francie R. Chassen, el costo de la remodelación de 200 mil pesos (o 100 mil dólares, de acuerdo con el tipo de cambio de la época) En alguna de las ediciones de la revista El Centenario se publicó una noticia sobre los avances de la casa de estudio, ilustrado por varias fotografías, incluida la del “salón de actos”, que andando el tiempo se conoce coloquialmente como Paraninfo y al inmueble en su conjunto, como “Edificio central” denominación en desuso, a partir del traslado de las oficinas administrativas a Ciudad Universitaria, en el último tercio de la pasada centuria.
Fuente: Francisco José Ruiz Cervantes, “Un apunte sobre las casas del Instituto de Ciencias y Artes del Estado en la ciudad de Oaxaca” en Carlos Sánchez Silva, (Coordinador), La ciudad de Oaxaca. Pasado, presente y futuro. Oaxaca, UABJO,2016, t. II, pp.139-167.